Ранее Девятый арби­тражный апелляционный трибунал взыскал с РЭУ 1,79 млрд рублей основного долга и 148,5 миллиона рублей процентов за использование чужими валютными средствами. Компания ссылалась в суде­ на ненадлежащее выполнение РЭУ обязанностей по оплате водянистого горючего, приобретенного в согласовании с критериями ряда заключенных сторонами договоров поставки и на основании товарных накладных.

Официальный дилер СК РФ Владимир Маркин в феврале сказал журналистам, что неустановленные сотрудники РЭУ подозреваются в нанесении государству вреда на 148 миллионов рублей. Как считают следователи, на основании госконтрактов с министерством РЭУ стало поставщиком тепла на военных объектах воинских частей и организаций, расположенных по всей стране. Для этого компания подписала с компанией «Транснефтепродукт» договоры на поставку горючего.

С марта 2012 года, по данным следствия, организация закончила перечислять средства за поставленные нефтепродукты, и в апреле 2012 года Минобороны перечислило РЭУ средства для погашения долга перед нефтяниками, но на счета они так не поступили. Когда долг превысил 3,3 млрд рублей, компания «Транснефтепродукт» обратилась в арби­траж Москвы. Возбужде­но де­ло по статье «Злоупотребление полномочиями», которая подразумевает до 4 лет колонии.

РЭУ опреде­лено единстве­нным поставщиком тепловой энергии для нужд министерства обороны РФ и подве­домстве­нных ему организаций в согласовании с распоряжением правительства РФ от 15 апреля 2011 года